Không giống như các bản Unreal Tournament, chiến dịch chơi đơn không theo cốt truyện dựa trên Giải đấu Tournament Grand Championship, và do đó, một số đội trong Unreal Tournament 3 không phải là đối thủ của Tournament. Năm phe phái có thể chơi là: Iron Guard, một đội lính đánh thuê người do cựu vô địch Tournament là Malcolm lãnh đạo; Ronin, một nhóm gồm bốn người sống sót sau cuộc tấn công thuộc địa nhân loại của Skaarj; Liandri, một loạt các robot hình người tiên tiến được chế tạo hoặc trang bị thêm cho chiến đấu; Krall, một chủng tộc người ngoài hành tinh hiếu chiến trước đây dưới sự lãnh đạo của Skaarj, trở về từ sự xuất hiện ban đầu của họ trong bản gốc Unreal; và Necris, những chiến binh đã trải qua quá trình cùng tên, khiến họ trông mạnh hơn với chi phí thay thế các quá trình sinh học của họ bằng "Nanoblack", biến họ thành những người lính bất tử (do đó có tên là Necris). Trong phần chơi Chiến dịch, người chơi điều khiển các thành viên của Ronin và Necris đóng vai trò là nhân vật phản diện chính.

Cốt truyện trong game là một cuộc tấn công con người của phe Necris xảy ra ở một thuộc địa trên hành tinh vô danh, giải phóng Krall được vũ trang tận răng. Thuộc địa không phòng bị, nhưng một nhóm Ronin đến hiện trường, bảo vệ những người sống sót. Reaper, thủ lĩnh của nhóm, khuyên chiến binh chỉ huy thứ hai của mình là Othello và cô em gái Jester phải tiêu diệt màn phong tỏa quỹ đạo Necris bằng chiến đấu cơ, và ra lệnh cho chuyên gia bắn tỉa của đội, Bishop, yểm trợ khi anh ta tràn vào để cứu thuộc địa. Đột nhiên, anh ta bị cuốn vào vụ nổ của một tên lửa tự hành đang lao tới và bất tỉnh, nhưng không phải trước khi nhìn thấy một người phụ nữ Necris vô danh đang bắn một người lính bên cạnh anh ta. Reaper được Othello và Jester tới giải cứu kịp thời và tỉnh lại trong căn cứ của Izanagi, một lực lượng du kích chiến đấu chống lại Necris và Axon, và anh gặp người lãnh đạo, được tiết lộ là Malcolm, người cũng lãnh đạo Iron Guard đóng vai trò là quân đội của Izanagi. Ông giải thích rằng cuộc tấn công của Necris là do chính Liandri chủ mưu, người cũng biến một số Krall, thành Necris, điều khiển những người lính bất tử. Người phụ nữ vô danh mà Reaper nhìn thấy hóa ra là Akasha, đặc vụ Necris đã phá hủy thuộc địa và cũng lãnh đạo lực lượng Necris. Reaper muốn giết cô ta, nhưng Malcolm nói với anh ta rằng anh ta cần phải chứng minh bản thân mình trước.